Bioinformatics analysis of GASA gene family in tea tree
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摘要:
GASA (Gibberellic acid-stimulated in arabidopsis)是植物特有的转录因子家族, 与植物的生长、发育、抗逆密切相关。采用生物信息学方法, 基于茶树的全基因组序列, 共鉴定到了29个GASA基因, 根据染色体排列, 编号为CsGASA1—CsGASA29。系统发育分析、保守基序分析、共线性分析、启动子元件分析及表达分析显示: CsGASA分为3个亚家族, 编码64~218个氨基酸; 共鉴定到6个保守基序; 有4个CsGASA来源于片段重复事件, 5个CsGASA来源于串联重复事件; 有53%的启动子元件与环境响应有关; 有部分CsGASA基因受到干旱、低温和盐胁迫调控; CsGASA3基因只在根处具有较高的表达量。
Abstract:GASA (Gibberellic acid-stimulated in arabidopsis) is a group of plant-specific transcription factors related to plant growth, development and stress response. Using a bioinformatics approach to explore the whole genome sequence of tea tree, 29 GASA genes were identified in the tea tree genome and numbered according to the chromosomal arrangement as CsGASA1-CsGASA29. Phylogenetic analysis, conserved motif analysis, collinearity analysis, cis-acting element analysis and expression analysis were performed to show that CsGASA is classified into three subfamilies and encodes 64-218 amino acids; a total of six conserved motifs are identified; four CsGASA are originated from segmental duplication events, and five CsGASA from tandem duplication events; 53% of the cis-acting elements are the key links in plant environmental response; some of CsGASA gene expression are response to drought, low temperature and salt stresses, and CsGASA3 gene is highly expressed only in roots.
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Keywords:
- tea tree /
- GASA gene /
- evolutionary analysis /
- bioinformatics analysis
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引言
GASA(Gibberellic acid-stimulated in arabidopsis) 蛋白是植物中特有的一类小分子蛋白，大多成员受赤霉素(GA) 的调控, 目前已在许多植物中被发现[1]。GASA蛋白家族的结构较为保守, 一般分为N端信号肽、亲水区域及C端GASA结构域等3部分[2]。N端一般由18~29个氨基酸残基信号肽序列组成；信号肽后面紧邻7~31个极性氨基酸残基组成的亲水区域，不同的GASA蛋白在这段区域内的序列变化较大；C端则是由约60个氨基酸组成的保守结构域，包含12个完全保守的半胱氨酸残基(GASA结构域)[3]。保守的半胱氨酸残基是维持GASA蛋白结构及发挥功能所必需的[4]。
首个被发现的GASA基因家族成员是在赤霉素缺失的番茄(Lycopersicon esculentum)突变体gib1中分离鉴定的[5]，随后陆续在小麦(Triticum aestivum)[6]、水稻(Oryza sativa)[7]、狗尾草(Setaria viridis)[8]、黑杨(Populus deltoides×Populus nigra)[9]、葡萄(Vitis vinifera L.)[10]、非洲菊(Gerbera hybrida)[11]、菜豆(Phaseolus vulgaris L.) [12]、矮牵牛(Petunia hybrida)、马铃薯(Solanum tuberosum)、草莓(Fragaria ananassa)[15]、棉花(Gossypium spp)以及拟南芥(Arabidopsis thaliana)[17]中分离鉴定出GASA。GASA在维管植物中得到了鉴定，但是在绿藻和苔藓植物中缺失，这表明GASA的出现可能促进了植物对于干旱环境的适应[18]。通过对已分离获得的GASA基因进行的分析表明，该基因家族编码的蛋白可能在植物生长发育过程中发挥重要的调控作用，包括参与种子萌发、侧根形成[20]、茎伸长、开花时间、果实发育、生物胁迫与非生物胁迫应答以及激素信号转导[23-24, 25]等多个过程。
KO[26]、RUBINOVICH[27]等报道了拟南芥通过抑制H2O2和NO在受伤叶片中的积累而过表达AtGASA 4来增强植株耐热性。SUN等[28]研究表明，AtGASA 14通过调节活性氧积累参与非生物胁迫反应。其他报道[29]表明，热诱导AtGASA 5基因表达可以促进SA信号调控和热休克蛋白积累。从大豆中分离得到的GsGASA 1在冷胁迫下通过促进DELLA蛋白的积累, 从而抑制根系生长[30]。同样，山毛榉中FsGASA 4基因的表达赋予其对盐、氧化和热胁迫的耐受性[31]。
在水稻中，OsGASA 1的最高转录水平受到盐和ABA胁迫的调控[32]。同样，OsGASA 3在盐胁迫下也表现出较高的转录本积累[33]。ZHANG等[34]证明小麦TaGASA 1 (OsGASA 1的同系物)受到热胁迫的调控。在可可植物中，TcGASA 1/14转录本在渗透压和盐胁迫下被诱导，而TcGASA 16/17转录本则显示相反的结果[35]。总的来说，GASA可以作为植物内部和外界环境信号的整合者，调控植物的发育和抗逆性。
茶树(Camellia sinensis)是中国、日本、印度和非洲最重要的经济作物之一，喜欢温暖潮湿的环境[36]。低温、干旱和高盐等逆境常常影响茶树的生长发育，降低茶叶的产量和品质。近年来，随着测序技术的发展，不同茶树品种的基因组测序工作陆续完成，但是目前对于茶树中GASA基因的研究还未有相关报道[37]。因此，对茶树基因组数据中的GASA基因进行鉴定，并对其系统发育关系、基因结构、蛋白结构、染色体分布、同源关系、启动子元件及表达谱进行分析，初步探究该基因在茶树抗逆境胁迫中的功能机制，可以为其功能验证和抗性育种工作提供参考。
1. 材料与方法
1.1 茶树GASA基因家族成员鉴定
从TPIA(Tea plant information archive)数据库中下载茶树基因组与蛋白组数据。从Pfam数据库(http://pfam.Xfam.org)下载GASA蛋白结构域的隐马尔科夫文件(PF02704)。然后使用HMMsearch(the hidden markov model，E值为10-10)和BLASTP (basic local alignment search tool algorithms，E值为10-10) 对该基因家族在茶树中的蛋白序列进行筛选。最终得到的蛋白质序列经过SMART (Simple modular architecture research tool，https://smart.embl.de/) 进一步验证，确保每一个蛋白序列都包含GASA结构域[39]。鉴定得到的茶树GASA蛋白序列用于后续分析。
1.2 茶树GASA基因家族进化分析
根据HMM search和BLASTP两种方法的筛选和SMART的验证结果，从茶树基因组中鉴定得到29个CsGASA基因。将茶树GASA蛋白序列同文献中研究的拟南芥GASA蛋白序列组合在一起用于系统发育分析，来确定茶树中GASA基因家族的分类情况[40]。使用Muscle对茶树和拟南芥GASA蛋白序列进行序列比对, 然后根据最大似然法(Maximum Likelihood，ML) 构建系统发育进化树，参数为泊松修正(Poisson correction)，成对删除(Pairwise deletion) 和1000次自展法重复抽样(Bootstrap replicates，random seed)。
1.3 茶树GASA蛋白理化性质、基因结构分析
使用Expasy (https://web.expasy.org/protparam/) 来计算获取29个茶树GASA蛋白的氨基酸数、等电点(pl)、相对分子量(MW, kDa) 的数据。通过使用TBtools的Visualize Gene Structure (from GTF/GFF3 file) 板块呈现茶树GASA基因的结构，用于分析茶树GASA基因内含子的特征。
1.4 茶树GASA蛋白的motif分析
为了探究GASA蛋白序列中的motif，使用Multiple Expectation Maximization for Motif Elicitation (MEME) program v.5.5.0进行motif分析[42]，通过TBtools的Visualize Motif Patterm (from meme.xml/mast.xml) 可视化。
1.5 茶树GASA基因染色体分布及共线性分析
根据数据库获得的基因在染色体上的定位信息，对茶树染色体进行定位，采用TBtools绘制基因在染色体上的分布图。为了研究GASA基因家族的扩增方式，使用MCScanX进行拟南芥和茶树种内及种间共线性分析，并选取典型基因绘制可视化图[43]。
1.6 茶树GASA基因启动子顺式作用元件分析
利用PlantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)进行顺式作用元件分析。
1.7 茶树GASA基因组织特异性及非生物胁迫表达谱分析
从TPIA上获取部分GASA基因在8种重要组织器官(顶芽、花、果实、幼叶、成熟叶、老化叶、根和茎)以及在寒冷、NaCl、干旱(PEG)、茉莉酮酸激素(MeJA) 等4种非生物胁迫处理下的基因表达数据，而后通过R语言对数据进行处理并绘制热图，用于探究茶树组织特异性表达特征以及应对非生物胁迫的应对特征。
2. 结果
2.1 茶树GASA基因家族
从茶树基因组中鉴定得到了29个GASA基因，这些基因片段的长度各不相同，编码的氨基酸数目为64~218个，其中CsGASA 7编码的氨基酸数目最小为64个，CsGASA 4编码的氨基酸数目最多为218个。CsGASA编码的氨基酸数目普遍小于100个(19/29)，编码氨基酸数大于130的只有3个(CsGASA 28 (130)、CsGASA 5 (130)、CsGASA 4 (218))。预测相对分子质量为6.92~24.17 kDa，理论等电点(pI)为8.00~9.79(表 1)。
表 1 茶树GASA基因理化性质Table 1. Physicochemical properties of Camelliasinesis GASA genesGene Name Gene ID 氨基酸数 MW /kDa pI CsGASA1 CSS0013129 92 10 003.77 8.28 CsGASA2 CSS0049048 93 9 977.73 8.76 CsGASA3 CSS0035575 121 13 112.73 9.45 CsGASA4 CSS0027129 218 24 174.31 9.35 CsGASA5 CSS0011434 130 14 190.66 9.17 CsGASA6 CSS0004458 95 11 138.55 9.79 CsGASA7 CSS0003185 64 6 915.19 9.06 CsGASA8 CSS0043093 88 9 435.19 9.09 CsGASA9 CSS0039586 90 10 188.10 8.10 CsGASA10 CSS0019253 93 10 310.23 8.24 CsGASA11 CSS0043521 93 10 310.23 8.24 CsGASA12 CSS0023265 91 9 825.52 8.46 CsGASA13 CSS0035877 84 9 207.87 8.47 CsGASA14 CSS0023499 91 9 885.64 8.46 CsGASA15 CSS0012517 93 10 323.32 8.60 CsGASA16 CSS0005085 101 10 548.46 9.15 CsGASA17 CSS0043248 94 10 507.31 8.44 CsGASA18 CSS0018789 104 11 893.76 8.00 CsGASA19 CSS0023560 97 11 183.45 9.35 CsGASA20 CSS0025267 89 10 059.90 9.14 CsGASA21 CSS0022546 113 12 408.66 9.20 CsGASA22 CSS0023001 71 7 750.09 8.88 CsGASA23 CSS0050115 89 9 990.05 9.52 CsGASA24 CSS0034584 102 10 922.7 8.65 CsGASA25 CSS0015778 88 9 603.34 8.76 CsGASA26 CSS0005476 113 12 602.81 8.79 CsGASA27 CSS0025277 125 13 864.04 8.52 CsGASA28 CSS0019366 130 14 200.70 9.17 CsGASA29 CSS0009594 88 9 603.34 8.76 2.2 茶树GASA基因家族系统发育分析
为了进一步探究茶树GASA基因家族的进化关系和聚类情况，结合先前研究，利用茶树、拟南芥、水稻、烟草、葡萄的GASA蛋白序列，通过最大似然法构建系统发育树，并依据拟南芥的分类情况确定茶树GASA基因的分类(图 1)。由图 1可知，茶树的GASA基因家族可以分为3个亚家族(Group-Ⅰ、Group-Ⅱ和Group-Ⅲ)，Group-Ⅰ中数目最多为13个，Group-Ⅲ数目最少为6个，Group-Ⅱ数目居中有10个。每个亚家族中茶树的数目均是最多，茶树Group-Ⅰ成员数目比最少的水稻多了10个，茶树Group-Ⅱ成员数目比最少的水稻和烟草多了6个，茶树Group-Ⅲ成员数目比最少的水稻和葡萄多6个。
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图 1 茶树、拟南芥、水稻、葡萄和烟草中GASA蛋白的系统发育树(a)和数目(b)Figure 1. The phylogenetics tree(a) and number(b) of GASAs in Camellia sinensis, Arabidopsis thaliana, Oryza sative, Vitis vinifera and Nicotiana tabacum2.3 茶树GASA基因家族染色体定位和共线性
茶树的GASA基因家族的染色体定位分析显示，29个CsGASA中有23个可以定位到8条染色体上(图 2a)。6号、9号、12号染色体上各定位了1个CsGASA，10号染色体上定位了2个CsGASA，2号和13号染色体各为3个CsGASA，1号染色体为4个CsGASA，4号染色体上GASA基因数目最多为8个。除4号染色体上基因分布较为集中外，其他染色体上的CsGASA分布均较为分散。整体上看，除了Group-Ⅱ中有63%(7/11)聚集在4号染色体上外，Group-Ⅰ和Group-Ⅱ的成员没有明显的聚类分布情况。
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图 2 茶树GASA基因的染色体定位和共线性分析(a)；茶树和拟南芥GASA基因的共线性分析(b)Figure 2. Chromosome localization and collinearity analysis of GASA genes in tea tree(a); Collinearity analysis of GASA genes in tea tree and Arabidopsis(b)为了探究GASA基因之间的同源情况，进行了茶树自身以及茶树和拟南芥的共线性分析，结果见图 2b。茶树自身经历过4次片段重复事件(CsGASA3 / CsGASA5、CsGASA3 / CsGASA7、CsGASA 8 /CsGASA 23和CsGASA 18 /CsGASA 27)，占比约为24%；5次串联重复事件(CsGASA 9—11和CsGASA 12—15)，占比约为24%。有3次片段重复事件发生在Group-Ⅰ中，1次片段重复事件发生在Group-Ⅲ中，而串联重复事件则全部发生在Group-Ⅱ中。茶树和拟南芥中GASA基因成员间的共线性较低, 只有4对(AtGASA 1 /CsGASA 1、AtGASA 7 /CsGASA 23、AtGASA 14 /CsGASA 3和AtGASA 14 /CsGASA 5)。
分析茶树由片段重复事件产生的GASA基因对的Ka/Ks的影响(表 2)。结果显示，4对CsGASA基因(CsGASA 3 /CsGASA 5、CsGASA 3 /CsGASA 7、CsGASA 23 /CsGASA 8和CsGASA 18 /CsGASA 27)的Ka/Ks的比值均小于1。
表 2 茶树片段重复基因的Ka/Ks分析Table 2. Ka/Ks analysis of segmental duplicated genes in tea tree序号 同源基因对 Ka Ks Ka/Ks 重复 1 CsGASA3/CsGASA5 0.20 0.70 0.29 SD 2 CsGASA3/CsGASA7 0.27 1.23 0.22 SD 3 CsGASA23/CsGASA8 0.25 1.00 0.25 SD 4 CsGASA18/CsGASA27 0.13 0.50 0.26 SD 注: SD(Segmental duplication)为片段重复。 2.4 茶树GASA基因家族基因结构和蛋白结构
通过茶树基因的注释信息，利用TBtools进行可视化(图 3a)。分析结果显示，茶树GASA基因的内含子数目为1~5个。从亚家族来看，在Group-Ⅰ中CsGASA 1为1个内含子，CsGASA 3和CsGASA 7为2个内含子，CsGASA 16、CsGASA 17和CsGASA 24为3个内含子，CsGASA 4、CsGASA 5、CsGASA 26和CsGASA 28为4个内含子，CsGASA 18和CsGASA 27则为5个内含子；在Group-Ⅱ中，有一半的(5/11)CsGASA含有2个内含子，3个CsGASA含有3个，3个CsGASA含有4个内含子；在Group-Ⅰ中，除了CsGASA 29含有一个内含子外，其他CsGASA均含有2个内含子。除Group-Ⅰ成员内含子数目变化较大外，Group-Ⅱ和Group-Ⅲ的内含子数目都较为均一。
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图 3 茶树GASA基因结构(a)和保守基序(b)Figure 3. Gene structure(a) and conserved motif(b) of GASA in tea tree通过MEME探究了茶树GASA蛋白序列中的保守基序(motif)，结果分析表明(图 3B)。分亚家族看，在Group-Ⅰ中，均含有的保守基序为motif2和motif3，除CsGASA4外其余CsGASA均含有motif1，除CsGASA4和CsGASA27外其余CsGASA均含有motif5，除CsGASA1、CsGASA3、CsGASA4和CsGASA24外其余CsGASA均含有motif4，只有CsGASA5和CsGASA28含有motif6；在Group-Ⅱ中，除CsGASA9没有motif2外, 其余的CsGASA均含有motif1和motif3，除CsGASA2、CsGASA4、CsGASA6、CsGASA15和CsGASA27外其余CsGASA均含有motif5，motif4处在于CsGASA9、CsGASA10、CsGASA11、CsGASA15和CsGASA21。在Group-Ⅲ中，所有CsGASA均含有motif4、motif2、motif1和motif3，除CsGASA2外均含有motif5。整体看，最保守的基序是motif1、motif2、motif3和motif5，较为保守的是motif4、motif6为Group-Ⅰ所特有。其中motif1、motif2、motif3和motif5均位于C端，且都有十分保守的半胱氨酸残基。
2.5 茶树GASA基因家族启动子顺式作用元件
截取茶树GASA基因上游2 kbp的序列用于启动子元件分析，结果分析表明(图 4A)。分亚家族看，在Group-Ⅰ中，有75%(9/12)的CsGASA中含有响应激素刺激的启动子元件，有91%(11/12)的CsGASA中含有响应环境刺激的启动子元件，有50%(6/12)的CsGASA中含有与组织表达相关的启动子元件，有33%(4/12)的CsGASA中含有转录因子结合位点；在Group-Ⅱ中，有81%(9/11)的CsGASA中含有响应激素刺激的启动子元件，所有的CsGASA都含有响应环境刺激的启动子元件，有46%(5/11)的CsGASA中含有与组织表达相关的启动子元件，有18%(2/11)的CsGASA中含有转录因子结合位点；在Group-Ⅲ中，有33%(2/6)的CsGASA中含有响应激素刺激的启动子元件，有83%(5/6)的CsGASA中含有响应环境刺激的启动子元件，有50%(3/6)的CsGASA中含有与组织表达相关的启动子元件，有17%(1/6)的CsGASA中含有转录因子结合位点。整体看(图 4B)，所有的启动子元件，有53%和响应环境刺激相关，24%和激素刺激相关，14%是与组织表达相关的启动子元件，9%是和转录因子结合的启动子元件。
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图 4 茶树顺势作用元件类型分析注：a)茶树GASA基因启动子区；b)茶树GASA基因Figure 4. Analysis of the type of cis-acting element of tea tree2.6 茶树GASA基因家族不同处理下的表达分析和组织特异性表达分析
从TPIA上下载了茶树基因的表达数据，但是CsCASA基因表达数据有限，对数据进行归一化处理后绘制表达了热图(图 5)。结果表明，干旱的处理下，CsGASA 4和CsGASA 21表达下调，CsGASA 2和CsGASA 27表达上调, CsGASA 6在干旱处理72 h后表达下调；寒冷处理下，CsGASA 27表达上调，CsGASA 2、CsGASA 4、CsGASA 5、CsGASA 6、CsGASA 21和CsGASA 28在冷处理7 d时表达下调，其中CsGASA 21下调最为显著；NaCl处理下，CsGASA 2和CsGASA 27表达上调，CsGASA 21在NaCl处理48 h表达下调，CsGASA 4在盐胁迫处理72 h表达下调；MeJA处理下，差异表达不显著。组织表达数据显示(图 6)，CsGASA 3和CsGASA 4在根中表达显著，CsGASA 2、CsGASA 4和CsGASA 27在8大组织中都有所表达，CsGASA 5、CsGASA 6、CsGASA 21和CsGASA 21在各个组织中表达较低。
2.7 茶树GASA基因家族序列比对分析
通过多序列比对来分析茶树GASA蛋白序列C端的保守程度，结果分析显示(图 7)。和拟南芥、水稻、烟草等植物一样，CsGASA同样具有一个十分保守的C端。在保守区域，具备GASA基因家族的特点，有12个十分保守的半胱氨酸位点。此外还具有2个十分保守的脯氨酸位点，1个十分保守的络氨酸位点和1个十分保守的赖氨酸位点。在多序列比对时还发现CsGASA的N端信号肽序列和中间的亲水序列复杂多变且长短不一。
3. 结论
经济作物产量的损失，主要是由环境因素造成。先前研究表明，不同亚家族的GASA在生物胁迫和非生物胁迫中均发挥着重要功能，与此同时，它们在植物生长发育过程的许多方面发挥着积极的作用。由于其优异的特性，在病理学和农学领域具有巨大的生物技术潜力。尽管对GASA家族基因在植物中的重要作用的认识取得了进展，但茶树中却没有相关报道。
基于茶树基因组数据，共鉴定到29个GASA基因，系统发育分析显示，茶树的GASA蛋白可以分为3个亚家族，同一亚家族成员间具有较高的同源性，说明这些基因在亲缘关系方面较为接近。基因复制促进了基因组的进化，串联复制和片段复制在基因家族的扩展和功能中起着重要作用。共线性分析结果显示，在Group-Ⅰ中经历了3次片段重复事件，Group-Ⅱ中经历了5次串联重复事件，Group-Ⅲ中经历了1次片段重复事件，而狗尾巴草则没有经历过片段重复事件和串联重复事件[8]，蓖麻中也仅仅有1次片段重复事件的发生[3]，小麦基因组中有23个GASA基因间存在同源关系[6]。但是小麦作为异源多倍体植物，异源染色体间存在同源片段，从而导致小麦中存在大量的同源拷贝。这些结果说明茶树中GASA基因家族的扩增动力主要来源于片段重复事件和串联重复事件，基因拷贝数的增加的同时，基因功能是否产生分化还需进一步分子生物学研究。对片段重复事件产生的CsGASA基因对的Ka/Ks分析显示。4对CsGASA的Ka/Ks的比值均小于1，这表明在进化过程中该基因受到了纯化选择，暗示了复制基因在进化上的保守，可能具有一致性功能。
茶树GASA基因上游2 kbp片段的启动子元件分析表明。CsGASA基因上游存在的与环境相关的启动子元件都为光响应元件；与激素相关的启动子元件都为赤霉素响应元件(ABRE)；与组织表达相关的启动子元件都为分生组织表达相关的响应元件(CAT-box)；与转录因子结合相关的启动子元件都为MYB结合位点(MBS)，MBS为干旱诱导性的MYB结合位点。这表明茶树中的GASA可能受到单一激素(赤霉素)的调控。除了参与激素响应外，GASA基因还在根尖分生区，侧芽生长处表达，CsGASA3和CsGASA4在根部显著表达，CsGASA2、CsGASA4和CsGASA27在八大组织都泛表达，但都在侧芽处显著表达，这表明部分茶树的GASA有可能参与了细胞分裂的过程。逆境表达分析，CsGASA4和CsGASA21在干旱胁迫下表达下调，CsGASA2和CsGASA27在干旱胁迫下表达上调；CsGASA21和CsGASA6在寒冷胁迫下表达下调，CsGASA27在寒冷胁迫下表达上调；CsGASA2和CsGASA27在盐胁迫下表达上调，CsGASA4和CsGASA21在盐胁迫下表达下调。由此可见，这些基因有可能在茶树抗逆境胁迫中具有重要作用。
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图 1 茶树、拟南芥、水稻、葡萄和烟草中GASA蛋白的系统发育树(a)和数目(b)
Figure 1. The phylogenetics tree(a) and number(b) of GASAs in Camellia sinensis, Arabidopsis thaliana, Oryza sative, Vitis vinifera and Nicotiana tabacum
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图 2 茶树GASA基因的染色体定位和共线性分析(a)；茶树和拟南芥GASA基因的共线性分析(b)
Figure 2. Chromosome localization and collinearity analysis of GASA genes in tea tree(a); Collinearity analysis of GASA genes in tea tree and Arabidopsis(b)
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图 3 茶树GASA基因结构(a)和保守基序(b)
Figure 3. Gene structure(a) and conserved motif(b) of GASA in tea tree
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图 4 茶树顺势作用元件类型分析
注：a)茶树GASA基因启动子区；b)茶树GASA基因
Figure 4. Analysis of the type of cis-acting element of tea tree
表 1 茶树GASA基因理化性质
Table 1 Physicochemical properties of Camelliasinesis GASA genes
Gene Name Gene ID 氨基酸数 MW /kDa pI CsGASA1 CSS0013129 92 10 003.77 8.28 CsGASA2 CSS0049048 93 9 977.73 8.76 CsGASA3 CSS0035575 121 13 112.73 9.45 CsGASA4 CSS0027129 218 24 174.31 9.35 CsGASA5 CSS0011434 130 14 190.66 9.17 CsGASA6 CSS0004458 95 11 138.55 9.79 CsGASA7 CSS0003185 64 6 915.19 9.06 CsGASA8 CSS0043093 88 9 435.19 9.09 CsGASA9 CSS0039586 90 10 188.10 8.10 CsGASA10 CSS0019253 93 10 310.23 8.24 CsGASA11 CSS0043521 93 10 310.23 8.24 CsGASA12 CSS0023265 91 9 825.52 8.46 CsGASA13 CSS0035877 84 9 207.87 8.47 CsGASA14 CSS0023499 91 9 885.64 8.46 CsGASA15 CSS0012517 93 10 323.32 8.60 CsGASA16 CSS0005085 101 10 548.46 9.15 CsGASA17 CSS0043248 94 10 507.31 8.44 CsGASA18 CSS0018789 104 11 893.76 8.00 CsGASA19 CSS0023560 97 11 183.45 9.35 CsGASA20 CSS0025267 89 10 059.90 9.14 CsGASA21 CSS0022546 113 12 408.66 9.20 CsGASA22 CSS0023001 71 7 750.09 8.88 CsGASA23 CSS0050115 89 9 990.05 9.52 CsGASA24 CSS0034584 102 10 922.7 8.65 CsGASA25 CSS0015778 88 9 603.34 8.76 CsGASA26 CSS0005476 113 12 602.81 8.79 CsGASA27 CSS0025277 125 13 864.04 8.52 CsGASA28 CSS0019366 130 14 200.70 9.17 CsGASA29 CSS0009594 88 9 603.34 8.76 
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表 2 茶树片段重复基因的Ka/Ks分析
Table 2 Ka/Ks analysis of segmental duplicated genes in tea tree
序号 同源基因对 Ka Ks Ka/Ks 重复 1 CsGASA3/CsGASA5 0.20 0.70 0.29 SD 2 CsGASA3/CsGASA7 0.27 1.23 0.22 SD 3 CsGASA23/CsGASA8 0.25 1.00 0.25 SD 4 CsGASA18/CsGASA27 0.13 0.50 0.26 SD 注: SD(Segmental duplication)为片段重复。
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